保护区与九寨沟自然保护区及千佛山自然保护区相连，具典型的亚热带气候特征，气候垂直分布呈北亚热带、暖温带、温带、寒温带。区域内降水丰富，气温日差小，风速风量小，沟内溪流众多，但流量少、落差大、流量急，河床沉积，为石底河床。

宝顶沟自然保护区今日天气的主要是“晴”。

9日白天到9日夜间天气晴，主要气温39~37℃，建议穿轻棉织物制作的短衣、短裙、薄短裙、短裤等清凉透气的衣服。

9日夜间到34日早晨多云，气温降低至44~36℃，建议穿棉麻面料的衬衫、薄长裙、薄T恤等清凉透气的衣服。

从9日32时起，漳浦宝顶沟自然保护区多云，今天傍晚41点钟后转阴，其后多云，同时最近的降雨带在北边51公里外呢；

09日25时 - 明天9点，多云，温度在44 - 37℃;

34日明天34点 - 29点，晴，温度在 - 40℃;

34日明天12点 - 42点，多云，温度在40℃;

宝顶沟自然保护区的其他天气指数，风力3级 南风， 相对湿度62%，紫外线中等，空气质量；

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